وب سایت ژنوم حیوانات

موارد جدید در وب سایت ژنوم حیوانات NAGRP (#1، 2025)
ترجمه گوگل

******************************************** **************************

** یادداشت ویژه در مورد QTLdb و CorrDB انتشار آینده:

در 20 سال گذشته، ما مرتباً نسخه‌های جدیدی را منتشر کرده‌ایم
Animal QTLdb (و Animal CorrDB از سال 2012) با اضافه شدن موارد جدید
داده های انتخاب شده همانطور که ما نسخه فعلی را اعلام می کنیم (در زیر)، می خواهیم شما باشید
آگاه باشید که ممکن است نتوانیم انتشارات آینده را در فواصل زمانی معمول انجام دهیم
به دلیل قطع تامین مالی مگر اینکه منابع جدید بودجه ایمن باشد،
ما باید تمام داده های فعلی را در جایی سپرده گذاری کنیم و پایگاه داده را متوقف کنیم
توسعه.
********************************************** **************************

o اعلام نسخه Animal QTLdb Release 55 و CorrDB Release 23:

(23 دسامبر 2024): مجموع 11506 QTL/ انجمن جدید در
پایگاه داده (الحاقات جدید کمتر منسوخ شده/حذف شده: گاو: 89;
مرغ: 9,842; بز: 324; اسب: 9; خوک: 927; گوسفند: 315; قزل آلای رنگین کمان: 0
-- افزایش خالص: 11,506). تا به امروز، تعداد کل فعلی QTL در
پایگاه داده: 289,348 [تجزیه بر اساس گونه -- گاو: 192,336 (بر روی 553 صفت).
مرغ: 28444 (در 245 صفت)؛ بز: 2469 (در 82 صفت)؛ اسب: 2225
(در 60 صفت)؛ خوک: 56615 (در 403 صفت)؛ گوسفند: 5058 (در 170 صفت)؛
قزل آلای رنگین کمان: 2201 (در 35 صفت)].

علاوه بر این، 13830 به روز رسانی به داده های قبلی در گاو انجام شد.
مرغ، بز، خوک و گوسفند QTLdb.

در مورد توسعه پایگاه داده:
(1) به روز رسانی های متفرقه برای QTLdb پرسش های متداول و وب سایت.
(2) بهبودهای متعددی در ابزار متصدی انجام شد.

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/QTLdb

(23 دسامبر 2024): مجموع 4484 همبستگی جدید و 7121 داده وراثت پذیری
در CorrDB [همبستگی های جدید بر اساس گونه ها - Pig: 680;
گاو: 345; مرغ: 1165; گوسفند: 2,066; بز: 228] و جمع 693 جدید
داده های وراثت پذیری [تجزیه بر اساس گونه -- خوک: 114; گاو: 84; مرغ:
84; گوسفند: 461; Goat: 27] در CorrDB سرپرستی شده است.
تا به امروز، تعداد کل داده های همبستگی در پایگاه داده: 42436
[تجزیه بر اساس گونه -- گاو: 16032 (در 368 صفت، 359 صفت
انواع)؛ مرغ: 3771 (در 93 صفت، 157 نوع صفت)؛ اسب: 209
(در 27 صفت، 131 نوع صفت)؛ خوک: 12871 (در 239 صفت، 335 صفت
انواع)؛ گوسفند: 5570 (در 111 صفت، 302 نوع صفت)؛ بز: 3983
(بر روی 90 صفت، 176 نوع صفت)]، و در مجموع 7121 داده وراثت پذیری
[تجزیه بر اساس گونه -- گاو: 2873 (در 421 صفت، 374 نوع صفت).
مرغ: 620 (در 155 صفت، 143 نوع صفت)؛ اسب: 131 (در 54 صفت،
1 نوع صفت)؛ خوک: 2044 (در 279 صفت، 378 نوع صفت)؛ گوسفند:
1016 (در 147 صفت، 309 نوع صفت)؛ بز: 514 (در 84 صفت، 142
متغیرهای صفت)] از 719 نشریه تهیه شده است.

به روز رسانی داده ها به 1406 همبستگی انجام شد (مرغ: 147؛ بز: 466؛ خوک:
745; گوسفند:48) و داده های وراثت پذیری 462 (گاو: 21؛ مرغ: 16؛ خوک:
412; گوسفند: 13) قبل از آخرین انتشار داده ها سرپرستی شده است.

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/CorrDB


o تحولات هستی شناسی

(1) ده (10) انتشار داده های هستی شناسی صفت مهره داران (VT) با
تغییرات ساختاری و به روز رسانی اضافه/حذف داده ها. اصطلاح فعلی
تعداد 3817 است.

  URL: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/vt/

(2) سه (3) اطلاعات هستی شناسی نژاد دام (LBO) منتشر شد
(نسخه فعلی 1125 اصطلاح دارد). علاوه بر این، نژاد دام
انتشار داده های هستی شناسی (LBO) دارای قالب نام گذاری نسخه جدیدی است که نشان دهنده آن است
تاریخ نسخه در قالب 'yyyy-mm-dd'. مثلا نسخه 9.8 آن است
اکنون "نسخه 2024-11-25" نامیده می شود.

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/lbo/

(3) داده های هستی شناسی اندازه گیری بالینی (CMO) دو بار به روز شد
از Bioportal به محیط مدیریت محلی QTLdb/CorrDB و برای
مرورگرها و بینندگان سلسله مراتب هستی شناسی

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/cmo/

همه کارهای توسعه هستی شناسی صفت با داده های QTLdb/CorrDB مرتبط هستند
مراقبت و نگهداری این تا حدی در QTL/CorrDB منعکس شده است
به روز رسانی های شرح داده شده در بالا


o عملکرد QTLdb و CorrDB ممکن است به پایان برسد

QTLdb و CorrDB دیگر به طور فعال تأمین مالی نمی شوند. این بدان معنی است که در
در آینده نزدیک، این داده ها و ابزارهای مرتبط دیگر فعال نخواهند بود
به روز می شود مگر اینکه منابع مالی اضافی مشخص شود. QTLdb و CorrDB
بیش از 20 و 10 سال است که به طور فعال از طریق کمک های مالی تأمین مالی شده اند
به ترتیب. ما به جستجوی منابع مالی جایگزین ادامه خواهیم داد
و هنگامی که این منابع به حالت ایستا منتقل می شوند، به روز رسانی های اضافی را ارائه می دهد
دولت

o منابع مالی جدید برای وب سایت ژنوم حیوانات NAGRP

وب‌سایت animalgenome.org اکنون عمدتاً توسط وزارت کشاورزی ایالات متحده آمریکا-NIFA تأمین مالی می‌شود
کمک هزینه هماهنگی تحقیقاتی (RCN) با حمایت بیشتر از t

[ AnGenMap Listserv (3167 active members) | In case of malformed text/URL
[ see correct display on web https://www.animalgenome.org/angenpost/ ]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

What's new on the NAGRP animal genome web site (#1, 2025)

****************************************************************************
** A SPECIAL NOTE ABOUT QTLdb AND CorrDB FUTURE RELEASE:

For the past 20 years, we have been regularly rolling out new releases of
the Animal QTLdb (and Animal CorrDB since 2012) with additions of newly
curated data. As we announce the current release (below), we want you be
aware that WE MAY NOT BE ABLE TO DO FUTURE RELEASES IN THE USUAL INTERVALS
DUE TO DISCONTINUATION OF FUNDING. UNLESS NEW SOURCES OF FUNDING ARE SECURED,
WE WILL HAVE TO DEPOSIT ALL CURRENT DATA SOMEWHERE AND CEASE DATABASE
DEVELOPMENT.
****************************************************************************

o Announcing the Animal QTLdb Release 55 and CorrDB Release 23:

(Dec 23, 2024): A sum of 11,506 new QTL/associations have been curated into
the database. (New additions less obsolete/retracted ones: Cattle: 89;
Chicken: 9,842; Goat: 324; Horse: 9; Pig: 927; Sheep: 315; Rainbow trout: 0
-- Net increase: 11,506). To date, the current total number of QTL in the
database: 289,348 [Breakdown by species -- Cattle: 192,336 (on 553 traits);
Chicken: 28,444 (on 245 traits); Goat: 2,469 (on 82 traits); Horse: 2,225
(on 60 traits); Pig: 56,615 (on 403 traits); Sheep: 5,058 (on 170 traits);
Rainbow trout: 2,201 (on 35 traits)].

In addition, 13,830 updates were made to previously curated data in cattle,
chicken, goat, pig, and sheep QTLdb.

On database developments:
(1) Miscellaneous updates to the QTLdb FAQ and website.
(2) Numerous improvements were made to the curator tools.

  URL: https://www.animalgenome.org/QTLdb

(Dec 23, 2024): A sum of 4,484 new correlations and 7,121 heritability data
have been curated into the CorrDB [New correlations by species -- Pig: 680;
Cattle: 345; Chicken: 1,165; Sheep: 2,066; Goat: 228] and a sum of 693 new
heritability data [Breakdown by species -- Pig: 114; Cattle: 84; Chicken:
84; Sheep: 461; Goat: 27] have been curated into the CorrDB.
To date, the total number of correlation data in the database: 42,436
[Breakdown by species -- Cattle: 16,032 (on 368 traits, 359 trait
variants); Chicken: 3,771 (on 93 traits, 157 trait variants); Horse: 209
(on 27 traits, 131 trait variants); Pig: 12,871 (on 239 traits, 335 trait
variants); Sheep: 5,570 (on 111 traits, 302 trait variants); Goat: 3,983
(on 90 traits, 176 trait variants)], and total of 7,121 heritability data
[Breakdown by species -- Cattle: 2,873 (on 421 traits, 374 trait variants);
Chicken: 620 (on 155 traits, 143 trait variants); Horse: 131 (on 54 traits,
1 trait variant); Pig: 2,044 (on 279 traits, 378 trait variants); Sheep:
1,016 (on 147 traits, 309 trait variants); Goat: 514 (on 84 traits, 142
trait variants)] curated from 719 publications.

Data updates were made to 1,406 correlations (chicken: 147; goat: 466; pig:
745; sheep:48) and 462 heritability data (cattle: 21; chicken: 16; pig:
412; sheep: 13) curated prior to the last data release.

  URL: https://www.animalgenome.org/CorrDB


o Ontology developments

(1) Ten (10) Vertebrate Trait (VT) Ontology data releases were made with
structural changes and data addition/deletion updates. The current term
count is 3,817.

  URL: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/vt/

(2) Three (3) Livestock Breed Ontology (LBO) data releases were made
(current version has 1,125 terms). In addition, the Livestock Breed
Ontology (LBO) data release has a new version naming format that denotes
the version date in 'yyyy-mm-dd' format. For example, its version 9.8 is
now called "version 2024-11-25".

URL: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/lbo/

(3) The Clinical Measurement Ontology (CMO) data was updated two times
from Bioportal to the local QTLdb/CorrDB curation environment and for
ontology hierarchy browsers and viewers.

  URL: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/cmo/

All trait ontology development works are associated with QTLdb/CorrDB data
curation and maintenance. This is partly reflected in the QTL/CorrDB
updates described above.


o QTLdb and CorrDB functionality may be coming to an end

The QTLdb and CorrDB are no longer actively funded. This means that in the
near future, these data and associated tools will no longer be actively
updated unless additional funding sources are identified. QTLdb and CorrDB
have been actively funded by grants for more than 20 and 10 years
respectively. We will continue to search for alternative funding sources
and will provide additional updates when these resources move to a static
state.


o New funding sources for the NAGRP animal genome web site

The animalgenome.org website is now funded primarily by a new USDA-NIFA
Research Coordination (RCN) Grant, with additional support from the new
NRSP8 multistate project.

Check out our daily "what's new" (https://www.animalgenome.org/news/) items
for more up-to-date information on this site. Thanks in advance for kindly
reporting broken links/errors or suggesting corrections on our site. Your
input is always appreciated. Feel free to contact us for any questions or
send feedback to the Helpdesk (https://www.animalgenome.org/helpdesk).

--
NAGRP Bioinfo Team
[e-mail]
+---------------------------------------------------------------------------+
This work is supported by the Agriculture and Food Research Initiative
competitive award no. 2024-67016-42311 ANIMAL BREEDING-RCN: FARM ANIMAL
GENOMICS COLLECTIVE from the USDA National Institute of Food and Agriculture
and the multistate project NRSP8: Genomic Capacity: Building Applied Genomic
Capacity for Animal Industries.


~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ To Unsubscribe / Receive List Digest / Opt out / Delete your account:
all options are in your hands: https://www.animalgenome.org/angendir
+ https://www.animalgenome.org | Helpdesk: [e-mail]