پیش‌بینی صفات پیچیده با استفاده از داده‌های بزرگ ژنومی و محیطی:

دوره بین المللی

ترجمه گوگل

پیش‌بینی صفات پیچیده با استفاده از داده‌های بزرگ ژنومی و محیطی:
مفاهیم، ​​مدل ها، نرم افزار و تمرین.

10 تا 14 مارس 2025
موسسه ملی تحقیقات کشاورزی (INIA)
مونته ویدئو، اروگوئه

مربی:

گوستاوو د لس کامپوس
استاد گروه اپیدمیولوژی و آمار زیستی و آمار و
احتمال، دانشگاه ایالتی میشیگان، ایالات متحده آمریکا. ایمیل: [e-mail] .

شرح دوره:

آیا می خواهید یاد بگیرید که چگونه کشاورزی پیچیده را پیش بینی کنید (گیاهان، درختان،
حیوانات) و فنوتیپ های بیماری و خطرات در انسان و حیوانات با استفاده از DNA
نشانگرها؟ در این دوره پنج روزه، مفاهیم کلیدی زیربنای پیش بینی و
متداول ترین مدل های مورد استفاده معرفی خواهند شد، از جمله BLUP ژنومی،
روشهای انتخاب متغیر جریمه شده و رگرسیون خطی بیزی،
روش های غیر خطی (رگرسیون هسته، شبکه های عصبی و XGBoost).
عوامل موثر بر عملکرد پیش بینی مورد بحث قرار خواهد گرفت.

این دوره شامل ماژول هایی است که هر کدام شامل یک مقدمه مختصر است که در ادامه می آید
با کار گروهی عملی با استفاده از داده های در دسترس عموم و نرم افزار منبع باز.
تمرکز در درجه اول بر روی پیش بینی به کمک ژنوم با استفاده از نشانگرهای DNA است اما
نمونه هایی با استفاده از داده های محیطی پوشش داده شده است. درک خوب از
احتمال و استنتاج در مدل های خطی و تجربه کار با R
مورد نیاز است. لطفاً لپ تاپ خود را با نسخه فعلی R نصب شده همراه داشته باشید.

محتوای دوره:

1- پیش بینی ژنومی صفات پیچیده: اصول
2- انتخاب متغیر با استفاده از رگرسیون تک نشانگر
3- برآورد انقباض (رگرسیون برآمدگی و توقف اولیه)
4- مدل های انقباض بیزی و انتخاب متغیر
5- رگرسیون نیمه پارامتریک با استفاده از فضاهای بازتولید کرنل هیلبرت
6- پیش بینی ژنومی با استفاده از XGBoost
7- Sparse GBLUP
8- پیش بینی ژنومی چند صفتی/چند محیطی
9- ادغام متغیرهای کمکی محیطی در پیش بینی ژنومی
10- آموزش انتقالی

زبان آموزش: انگلیسی

ثبت نام و اسکان:

اطلاعات به زودی اعلام خواهد شد. دوره رایگان خواهد بود اما وجود خواهد داشت
هزینه ای برای استراحت قهوه و ناهار باشد.

لطفاً با ارسال یک ایمیل به هر یک، قصد خود را برای شرکت در جلسه اعلام کنید
مخاطبین ارائه شده در زیر از آنجایی که محدودیتی در تعداد وجود خواهد داشت
شرکت کنندگان، اولین حضور، اولین خدمت.

محل برگزاری: انستیتو پاستور مونته ویدئو، اروگوئه. https://pasteur.uy/en/
شرکت کنندگان: باید لپ تاپ همراه داشته باشند و ترتیب اقامت و سفر را بدهند.

تماس:
دانیل جیانولا ([e-mail])
اولگا راواگنولو ([e-mail])


دانیل جیانولا

سوال رایت، استاد بازنشسته اصلاح نژاد و ژنتیک حیوانات
گروه علوم دامی و لبنیات
دانشگاه ویسکانسین-مدیسون
256 ساختمان علوم دامی
رصدخانه 1675 Dr.
مدیسون، WI 53706
ایالات متحده آمریکا

https://andysci.wisc.edu/directory/dan-gianola/
https://en.wikipedia.org/wiki/Daniel_Gianola
https://scholar.google.com/citations?user=bikTUXkAAAAJ&hl=en&oi=ao
https://qbi.wisc.edu/research/all-faculty/

"طبیعت به زبان ریاضی (گالیله) نوشته شده است.
قضیه بیز را امتحان کنید"
«روش‌های بیزی با اولویت‌های ذهنی ممکن است فرآیندها را از بین ببرد
علم» (اقتباس شده از اسکار کمپتورن)


~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ لغو اشتراک / دریافت خلاصه فهرست / انصراف / حذف حساب خود:
همه گزینه ها در دست شماست: https://www.animalgenome.org/angendir
+ https://www.animalgenome.org | دفتر راهنمایی: [e-mail]

وب سایت ژنوم حیوانات

موارد جدید در وب سایت ژنوم حیوانات NAGRP (#1، 2025)
ترجمه گوگل

******************************************** **************************

** یادداشت ویژه در مورد QTLdb و CorrDB انتشار آینده:

در 20 سال گذشته، ما مرتباً نسخه‌های جدیدی را منتشر کرده‌ایم
Animal QTLdb (و Animal CorrDB از سال 2012) با اضافه شدن موارد جدید
داده های انتخاب شده همانطور که ما نسخه فعلی را اعلام می کنیم (در زیر)، می خواهیم شما باشید
آگاه باشید که ممکن است نتوانیم انتشارات آینده را در فواصل زمانی معمول انجام دهیم
به دلیل قطع تامین مالی مگر اینکه منابع جدید بودجه ایمن باشد،
ما باید تمام داده های فعلی را در جایی سپرده گذاری کنیم و پایگاه داده را متوقف کنیم
توسعه.
********************************************** **************************

o اعلام نسخه Animal QTLdb Release 55 و CorrDB Release 23:

(23 دسامبر 2024): مجموع 11506 QTL/ انجمن جدید در
پایگاه داده (الحاقات جدید کمتر منسوخ شده/حذف شده: گاو: 89;
مرغ: 9,842; بز: 324; اسب: 9; خوک: 927; گوسفند: 315; قزل آلای رنگین کمان: 0
-- افزایش خالص: 11,506). تا به امروز، تعداد کل فعلی QTL در
پایگاه داده: 289,348 [تجزیه بر اساس گونه -- گاو: 192,336 (بر روی 553 صفت).
مرغ: 28444 (در 245 صفت)؛ بز: 2469 (در 82 صفت)؛ اسب: 2225
(در 60 صفت)؛ خوک: 56615 (در 403 صفت)؛ گوسفند: 5058 (در 170 صفت)؛
قزل آلای رنگین کمان: 2201 (در 35 صفت)].

علاوه بر این، 13830 به روز رسانی به داده های قبلی در گاو انجام شد.
مرغ، بز، خوک و گوسفند QTLdb.

در مورد توسعه پایگاه داده:
(1) به روز رسانی های متفرقه برای QTLdb پرسش های متداول و وب سایت.
(2) بهبودهای متعددی در ابزار متصدی انجام شد.

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/QTLdb

(23 دسامبر 2024): مجموع 4484 همبستگی جدید و 7121 داده وراثت پذیری
در CorrDB [همبستگی های جدید بر اساس گونه ها - Pig: 680;
گاو: 345; مرغ: 1165; گوسفند: 2,066; بز: 228] و جمع 693 جدید
داده های وراثت پذیری [تجزیه بر اساس گونه -- خوک: 114; گاو: 84; مرغ:
84; گوسفند: 461; Goat: 27] در CorrDB سرپرستی شده است.
تا به امروز، تعداد کل داده های همبستگی در پایگاه داده: 42436
[تجزیه بر اساس گونه -- گاو: 16032 (در 368 صفت، 359 صفت
انواع)؛ مرغ: 3771 (در 93 صفت، 157 نوع صفت)؛ اسب: 209
(در 27 صفت، 131 نوع صفت)؛ خوک: 12871 (در 239 صفت، 335 صفت
انواع)؛ گوسفند: 5570 (در 111 صفت، 302 نوع صفت)؛ بز: 3983
(بر روی 90 صفت، 176 نوع صفت)]، و در مجموع 7121 داده وراثت پذیری
[تجزیه بر اساس گونه -- گاو: 2873 (در 421 صفت، 374 نوع صفت).
مرغ: 620 (در 155 صفت، 143 نوع صفت)؛ اسب: 131 (در 54 صفت،
1 نوع صفت)؛ خوک: 2044 (در 279 صفت، 378 نوع صفت)؛ گوسفند:
1016 (در 147 صفت، 309 نوع صفت)؛ بز: 514 (در 84 صفت، 142
متغیرهای صفت)] از 719 نشریه تهیه شده است.

به روز رسانی داده ها به 1406 همبستگی انجام شد (مرغ: 147؛ بز: 466؛ خوک:
745; گوسفند:48) و داده های وراثت پذیری 462 (گاو: 21؛ مرغ: 16؛ خوک:
412; گوسفند: 13) قبل از آخرین انتشار داده ها سرپرستی شده است.

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/CorrDB


o تحولات هستی شناسی

(1) ده (10) انتشار داده های هستی شناسی صفت مهره داران (VT) با
تغییرات ساختاری و به روز رسانی اضافه/حذف داده ها. اصطلاح فعلی
تعداد 3817 است.

  URL: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/vt/

(2) سه (3) اطلاعات هستی شناسی نژاد دام (LBO) منتشر شد
(نسخه فعلی 1125 اصطلاح دارد). علاوه بر این، نژاد دام
انتشار داده های هستی شناسی (LBO) دارای قالب نام گذاری نسخه جدیدی است که نشان دهنده آن است
تاریخ نسخه در قالب 'yyyy-mm-dd'. مثلا نسخه 9.8 آن است
اکنون "نسخه 2024-11-25" نامیده می شود.

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/lbo/

(3) داده های هستی شناسی اندازه گیری بالینی (CMO) دو بار به روز شد
از Bioportal به محیط مدیریت محلی QTLdb/CorrDB و برای
مرورگرها و بینندگان سلسله مراتب هستی شناسی

آدرس اینترنتی: https://www.animalgenome.org/bioinfo/projects/cmo/

همه کارهای توسعه هستی شناسی صفت با داده های QTLdb/CorrDB مرتبط هستند
مراقبت و نگهداری این تا حدی در QTL/CorrDB منعکس شده است
به روز رسانی های شرح داده شده در بالا


o عملکرد QTLdb و CorrDB ممکن است به پایان برسد

QTLdb و CorrDB دیگر به طور فعال تأمین مالی نمی شوند. این بدان معنی است که در
در آینده نزدیک، این داده ها و ابزارهای مرتبط دیگر فعال نخواهند بود
به روز می شود مگر اینکه منابع مالی اضافی مشخص شود. QTLdb و CorrDB
بیش از 20 و 10 سال است که به طور فعال از طریق کمک های مالی تأمین مالی شده اند
به ترتیب. ما به جستجوی منابع مالی جایگزین ادامه خواهیم داد
و هنگامی که این منابع به حالت ایستا منتقل می شوند، به روز رسانی های اضافی را ارائه می دهد
دولت

o منابع مالی جدید برای وب سایت ژنوم حیوانات NAGRP

وب‌سایت animalgenome.org اکنون عمدتاً توسط وزارت کشاورزی ایالات متحده آمریکا-NIFA تأمین مالی می‌شود
کمک هزینه هماهنگی تحقیقاتی (RCN) با حمایت بیشتر از t