پیش‌بینی صفات پیچیده با استفاده از داده‌های بزرگ ژنومی و محیطی:

دوره بین المللی

ترجمه گوگل

پیش‌بینی صفات پیچیده با استفاده از داده‌های بزرگ ژنومی و محیطی:
مفاهیم، ​​مدل ها، نرم افزار و تمرین.

10 تا 14 مارس 2025
موسسه ملی تحقیقات کشاورزی (INIA)
مونته ویدئو، اروگوئه

مربی:

گوستاوو د لس کامپوس
استاد گروه اپیدمیولوژی و آمار زیستی و آمار و
احتمال، دانشگاه ایالتی میشیگان، ایالات متحده آمریکا. ایمیل: [e-mail] .

شرح دوره:

آیا می خواهید یاد بگیرید که چگونه کشاورزی پیچیده را پیش بینی کنید (گیاهان، درختان،
حیوانات) و فنوتیپ های بیماری و خطرات در انسان و حیوانات با استفاده از DNA
نشانگرها؟ در این دوره پنج روزه، مفاهیم کلیدی زیربنای پیش بینی و
متداول ترین مدل های مورد استفاده معرفی خواهند شد، از جمله BLUP ژنومی،
روشهای انتخاب متغیر جریمه شده و رگرسیون خطی بیزی،
روش های غیر خطی (رگرسیون هسته، شبکه های عصبی و XGBoost).
عوامل موثر بر عملکرد پیش بینی مورد بحث قرار خواهد گرفت.

این دوره شامل ماژول هایی است که هر کدام شامل یک مقدمه مختصر است که در ادامه می آید
با کار گروهی عملی با استفاده از داده های در دسترس عموم و نرم افزار منبع باز.
تمرکز در درجه اول بر روی پیش بینی به کمک ژنوم با استفاده از نشانگرهای DNA است اما
نمونه هایی با استفاده از داده های محیطی پوشش داده شده است. درک خوب از
احتمال و استنتاج در مدل های خطی و تجربه کار با R
مورد نیاز است. لطفاً لپ تاپ خود را با نسخه فعلی R نصب شده همراه داشته باشید.

محتوای دوره:

1- پیش بینی ژنومی صفات پیچیده: اصول
2- انتخاب متغیر با استفاده از رگرسیون تک نشانگر
3- برآورد انقباض (رگرسیون برآمدگی و توقف اولیه)
4- مدل های انقباض بیزی و انتخاب متغیر
5- رگرسیون نیمه پارامتریک با استفاده از فضاهای بازتولید کرنل هیلبرت
6- پیش بینی ژنومی با استفاده از XGBoost
7- Sparse GBLUP
8- پیش بینی ژنومی چند صفتی/چند محیطی
9- ادغام متغیرهای کمکی محیطی در پیش بینی ژنومی
10- آموزش انتقالی

زبان آموزش: انگلیسی

ثبت نام و اسکان:

اطلاعات به زودی اعلام خواهد شد. دوره رایگان خواهد بود اما وجود خواهد داشت
هزینه ای برای استراحت قهوه و ناهار باشد.

لطفاً با ارسال یک ایمیل به هر یک، قصد خود را برای شرکت در جلسه اعلام کنید
مخاطبین ارائه شده در زیر از آنجایی که محدودیتی در تعداد وجود خواهد داشت
شرکت کنندگان، اولین حضور، اولین خدمت.

محل برگزاری: انستیتو پاستور مونته ویدئو، اروگوئه. https://pasteur.uy/en/
شرکت کنندگان: باید لپ تاپ همراه داشته باشند و ترتیب اقامت و سفر را بدهند.

تماس:
دانیل جیانولا ([e-mail])
اولگا راواگنولو ([e-mail])


دانیل جیانولا

سوال رایت، استاد بازنشسته اصلاح نژاد و ژنتیک حیوانات
گروه علوم دامی و لبنیات
دانشگاه ویسکانسین-مدیسون
256 ساختمان علوم دامی
رصدخانه 1675 Dr.
مدیسون، WI 53706
ایالات متحده آمریکا

https://andysci.wisc.edu/directory/dan-gianola/
https://en.wikipedia.org/wiki/Daniel_Gianola
https://scholar.google.com/citations?user=bikTUXkAAAAJ&hl=en&oi=ao
https://qbi.wisc.edu/research/all-faculty/

"طبیعت به زبان ریاضی (گالیله) نوشته شده است.
قضیه بیز را امتحان کنید"
«روش‌های بیزی با اولویت‌های ذهنی ممکن است فرآیندها را از بین ببرد
علم» (اقتباس شده از اسکار کمپتورن)


~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+ لغو اشتراک / دریافت خلاصه فهرست / انصراف / حذف حساب خود:
همه گزینه ها در دست شماست: https://www.animalgenome.org/angendir
+ https://www.animalgenome.org | دفتر راهنمایی: [e-mail]

کتاب اصلاح نژاد دامهای اهلی -ژنوم ویژگی ها ، گزینش و آمیخته گیری - انتشارات دانشگاه تبریز

پیشگفتار مترجم

در سال‌های اخیر پیشرفت های شگرف و انقلاب گونه‌ای در مباحث ژنتیک و اصلاح نژاد دام‌های اهلی پدید آمده است که امکان پیشرفت صفات تولیدی را بسیار سریعتر کرده است. به‌نظر می‌رسد مباحث کتاب های خارجی منتشر شده پیش از سال2000 میلادی بیشتر به ژنتیک کلاسیک می‌پردازند ولی بعد از سال 2000 فصل‌های جدیدی در این علم با عنوان ژنومیک و کاربرد ژنتیک مولکولی در کتابها مطرح شده است که پیش از این کمتر به آن پرداخته می‌شد. کتاب‌های فارسی موجود در بازار در زمینه اصلاح دام نیز به‌طور نسبی کمتر مباحث جدید اصلاح دام را مطرح کرده‌اند. برتری اصلی این کتاب، پرداختن به فصل های جدیدی از این علم با عنوان ژنومیک، نقشه ژنتیکی، نقشه فیزیکی، نقشه یابی ژنوم، همسانه سازی، بیان ژن، نشانگر ژنتیکی، ریز ماهواره، پروتئوم، تراشه، توالی‌یابی، اسنیپ، ترانسژنز، تشخیص ژنوتیپ مولکولی و ...است که در کتاب های فارسی موجود در بازار جای خالی آن احساس می‌شود.  براساس اظهار مولفان، این کتاب در اصل برای اساتید و با هدف آموزشی نگاشته شده است تا بهتر بتوانند مفاهیم دشوار ژنتیک را به آسانی به دانشجویان آموزش دهند. سازماندهی کتاب در12 فصل به صورتی است که ابتدا اصول را بیان می‌کند و سپس مطالب عمیق تر را به کمک تصویر‌ها و نمودار‌ها روشن تر بیان می‌کند. استفاده از جدول، شکل و عکس‌های مناسب سبب ارایه اطلاعات کامل به خواننده می‌شود. در نتیجه، کتاب برای دانشجویان علوم دامی، دبیران دبیرستان های دامپروری، دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری حرفه‌ای دامپزشکی و مروجان اصلاح نژاد دام جالب توجه است. این کتاب با داشتن تصویر‌ها و مثال های به روز، فهم مطالب را آسانتر می‌کند.

فرانسه از جمله کشورهای پیشرو در زمینه دامپروری و اصلاح دام است که انتشارات علمی سطح بالایی دارد. هدف از ترجمه این کتاب آشنایی بیشتر محققان و دانشجویان با دستاورد‌ها و سیستم اصلاح نژاد دام در فرانسه است که تاکنون کمتر کتابی به زبان فرانسه در این زمینه به فارسی برگردان شده است. مترجم در طول مدت تحصیل دوره دکتری در فرانسه، (2004 الی 2007) در سمینارها و کارگاه های آموزشی و بازدیدهای علمی (برای مثال مرکز ژنتیک کمی و اصلاح نژاد ژوی آن ژوزاس[1] ‌پاریس، آزمایشگاه ژنتیک مولکولی نانت[2]) با تعدادی از محققان موسسه پژوهش‌های کشاورزی فرانسه که نتایج کارهای پژوهشی آنان در کتاب آمده است، بحث و گفتگوهای علمی داشته است. امید است که اطلاعات کتاب برای علاقمندان ژنتیک و به نژادی دام قابل استفاده باشد.